La Facultad de Ciencias del Mar de la UCN tiene como misión crear, cultivar y difundir la generación de nuevos conocimientos de las formas, funciones y procesos del ambiente marino y sus productos, y lograr un aprovechamiento que armonice el desarrollo de las actividades humanas relativas a la conservación y la preservación del medio ambiente, y el uso sustentable del ambiente y sus recursos. Está integrada por los Departamentos de Acuicultura, Biología Marina y la Escuela de Prevención de Riesgos y Medio Ambiente.

Además, considera a los investigadores asociados del Centro de Estudios Avanzados en Zonas Áridas y del Centro de Investigación y Desarrollo Tecnológico en Algas de la Universidad Católica del Norte.